# command line: # KaDE n_phos_sites_with_counter_4.ka -print-efficiency -ode-backend DOTNET -with-symmetries Backward -dotnet-output network_n_phos_sites_with_counter_4_with_bsym.net # THINGS THAT ARE KNOWN FROM KAPPA FILE AND KaSim OPTIONS: # # init - the initial abundances of each species and token # tinit - the initial simulation time (likely 0) # tend - the final simulation time # initialstep - initial time step at the beginning of numerical integration # maxstep - maximal time step for numerical integration # reltol - relative error tolerance; # abstol - absolute error tolerance; # period - the time period between points to return # # variables (init(i),y(i)) denote numbers of embeddings # rule rates are corrected by the number of automorphisms in the lhs of rules begin parameters 1 tinit 0 2 tend 1 3 period 0.01 4 ku4 4802 5 kp3 375 6 ku3 686 7 kp2 75 8 ku2 98 9 kp1 15 10 ku1 14 11 kp0 3 end parameters begin species 1 A(s1~u,s2~u,s3~u,s4~u,p!1).P(l!1,r) 100 2 A(s1~u,s2~u,s3~u,s4~p,p!1).P(l!1,r!2).P(l!2,r) 0 3 A(s1~u,s2~u,s3~p,s4~p,p!1).P(l!1,r!2).P(l!2,r!3).P(l!3,r) 0 4 A(s1~u,s2~p,s3~p,s4~p,p!1).P(l!1,r!2).P(l!2,r!3).P(l!3,r!4).P(l!4,r) 0 5 A(s1~p,s2~p,s3~p,s4~p,p!1).P(l!2,r).P(l!3,r!2).P(l!4,r!3).P(l!5,r!4).P(l!1,r!5) 0 end species begin reactions # rule : A(s4~p,p!1), P(l!2,r!3), P(l!3,r!4), P(l!4,r!5), P(l!5,r), P(l!1,r!2) -> A(s4~u,p!1), P(l!1,r!3), P(l!3,r!4), P(l!4,r!5), P(l!5,r) # A(s1~p, s2~p, s3~p, s4~p, p!1), P(l!2, r), P(l!3, r!2), P(l!4, r!3), P(l!5, r!4), P(l!1, r!5) -> A(s1~u, s2~p, s3~p, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r!3), P(l!3, r!4), P(l!4, r) 1 5 4 ku4 # rule : A(s3~p,p!1), P(l!2,r!3), P(l!3,r!4), P(l!4,r!5), P(l!5,r), P(l!1,r!2) -> A(s3~u,p!1), P(l!1,r!3), P(l!3,r!4), P(l!4,r!5), P(l!5,r) # A(s1~p, s2~p, s3~p, s4~p, p!1), P(l!2, r), P(l!3, r!2), P(l!4, r!3), P(l!5, r!4), P(l!1, r!5) -> A(s1~u, s2~p, s3~p, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r!3), P(l!3, r!4), P(l!4, r) 2 5 4 ku4 # rule : A(s2~p,p!1), P(l!2,r!3), P(l!3,r!4), P(l!4,r!5), P(l!5,r), P(l!1,r!2) -> A(s2~u,p!1), P(l!1,r!3), P(l!3,r!4), P(l!4,r!5), P(l!5,r) # A(s1~p, s2~p, s3~p, s4~p, p!1), P(l!2, r), P(l!3, r!2), P(l!4, r!3), P(l!5, r!4), P(l!1, r!5) -> A(s1~u, s2~p, s3~p, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r!3), P(l!3, r!4), P(l!4, r) 3 5 4 ku4 # rule : A(s1~p,p!1), P(l!2,r!3), P(l!3,r!4), P(l!4,r!5), P(l!5,r), P(l!1,r!2) -> A(s1~u,p!1), P(l!1,r!3), P(l!3,r!4), P(l!4,r!5), P(l!5,r) # A(s1~p, s2~p, s3~p, s4~p, p!1), P(l!2, r), P(l!3, r!2), P(l!4, r!3), P(l!5, r!4), P(l!1, r!5) -> A(s1~u, s2~p, s3~p, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r!3), P(l!3, r!4), P(l!4, r) 4 5 4 ku4 # rule : A(s4~p,p!1), P(l!2,r!3), P(l!3,r!4), P(l!4,r), P(l!1,r!2) -> A(s4~u,p!1), P(l!1,r!3), P(l!3,r!4), P(l!4,r) # A(s1~u, s2~p, s3~p, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r!3), P(l!3, r!4), P(l!4, r) -> A(s1~u, s2~u, s3~p, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r!3), P(l!3, r) 5 4 3 ku3 # rule : A(s3~p,p!1), P(l!2,r!3), P(l!3,r!4), P(l!4,r), P(l!1,r!2) -> A(s3~u,p!1), P(l!1,r!3), P(l!3,r!4), P(l!4,r) # A(s1~u, s2~p, s3~p, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r!3), P(l!3, r!4), P(l!4, r) -> A(s1~u, s2~u, s3~p, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r!3), P(l!3, r) 6 4 3 ku3 # rule : A(s2~p,p!1), P(l!2,r!3), P(l!3,r!4), P(l!4,r), P(l!1,r!2) -> A(s2~u,p!1), P(l!1,r!3), P(l!3,r!4), P(l!4,r) # A(s1~u, s2~p, s3~p, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r!3), P(l!3, r!4), P(l!4, r) -> A(s1~u, s2~u, s3~p, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r!3), P(l!3, r) 7 4 3 ku3 # rule : A(s1~u,p!1), P(l!1,r!2), P(l!2,r!3), P(l!3,r!4), P(l!4,r) -> A(s1~p,p!1), P(l!2,r!2), P(l!2,r!3), P(l!3,r!4), P(l!4,r), P(l!1,r!2) # A(s1~u, s2~p, s3~p, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r!3), P(l!3, r!4), P(l!4, r) -> A(s1~p, s2~p, s3~p, s4~p, p!1), P(l!2, r), P(l!3, r!2), P(l!4, r!3), P(l!5, r!4), P(l!1, r!5) 8 4 5 kp3 # rule : A(s4~p,p!1), P(l!2,r!3), P(l!3,r), P(l!1,r!2) -> A(s4~u,p!1), P(l!1,r!3), P(l!3,r) # A(s1~u, s2~u, s3~p, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r!3), P(l!3, r) -> A(s1~u, s2~u, s3~u, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r) 9 3 2 ku2 # rule : A(s3~p,p!1), P(l!2,r!3), P(l!3,r), P(l!1,r!2) -> A(s3~u,p!1), P(l!1,r!3), P(l!3,r) # A(s1~u, s2~u, s3~p, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r!3), P(l!3, r) -> A(s1~u, s2~u, s3~u, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r) 10 3 2 ku2 # rule : A(s2~u,p!1), P(l!1,r!2), P(l!2,r!3), P(l!3,r) -> A(s2~p,p!1), P(l!2,r!2), P(l!2,r!3), P(l!3,r), P(l!1,r!2) # A(s1~u, s2~u, s3~p, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r!3), P(l!3, r) -> A(s1~u, s2~p, s3~p, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r!3), P(l!3, r!4), P(l!4, r) 11 3 4 kp2 # rule : A(s1~u,p!1), P(l!1,r!2), P(l!2,r!3), P(l!3,r) -> A(s1~p,p!1), P(l!2,r!2), P(l!2,r!3), P(l!3,r), P(l!1,r!2) # A(s1~u, s2~u, s3~p, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r!3), P(l!3, r) -> A(s1~u, s2~p, s3~p, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r!3), P(l!3, r!4), P(l!4, r) 12 3 4 kp2 # rule : A(s4~p,p!1), P(l!2,r), P(l!1,r!2) -> A(s4~u,p!1), P(l!1,r) # A(s1~u, s2~u, s3~u, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r) -> A(s1~u, s2~u, s3~u, s4~u, p!1), P(l!1, r) 13 2 1 ku1 # rule : A(s3~u,p!1), P(l!1,r!2), P(l!2,r) -> A(s3~p,p!1), P(l!2,r!2), P(l!2,r), P(l!1,r!2) # A(s1~u, s2~u, s3~u, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r) -> A(s1~u, s2~u, s3~p, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r!3), P(l!3, r) 14 2 3 kp1 # rule : A(s2~u,p!1), P(l!1,r!2), P(l!2,r) -> A(s2~p,p!1), P(l!2,r!2), P(l!2,r), P(l!1,r!2) # A(s1~u, s2~u, s3~u, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r) -> A(s1~u, s2~u, s3~p, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r!3), P(l!3, r) 15 2 3 kp1 # rule : A(s1~u,p!1), P(l!1,r!2), P(l!2,r) -> A(s1~p,p!1), P(l!2,r!2), P(l!2,r), P(l!1,r!2) # A(s1~u, s2~u, s3~u, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r) -> A(s1~u, s2~u, s3~p, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r!3), P(l!3, r) 16 2 3 kp1 # rule : A(s4~u,p!1), P(l!1,r) -> A(s4~p,p!1), P(l!2,r), P(l!1,r!2) # A(s1~u, s2~u, s3~u, s4~u, p!1), P(l!1, r) -> A(s1~u, s2~u, s3~u, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r) 17 1 2 kp0 # rule : A(s3~u,p!1), P(l!1,r) -> A(s3~p,p!1), P(l!2,r), P(l!1,r!2) # A(s1~u, s2~u, s3~u, s4~u, p!1), P(l!1, r) -> A(s1~u, s2~u, s3~u, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r) 18 1 2 kp0 # rule : A(s2~u,p!1), P(l!1,r) -> A(s2~p,p!1), P(l!2,r), P(l!1,r!2) # A(s1~u, s2~u, s3~u, s4~u, p!1), P(l!1, r) -> A(s1~u, s2~u, s3~u, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r) 19 1 2 kp0 # rule : A(s1~u,p!1), P(l!1,r) -> A(s1~p,p!1), P(l!2,r), P(l!1,r!2) # A(s1~u, s2~u, s3~u, s4~u, p!1), P(l!1, r) -> A(s1~u, s2~u, s3~u, s4~p, p!1), P(l!1, r!2), P(l!2, r) 20 1 2 kp0 end reactions